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Booth e Brennan investigam a misteriosa morte de uma cirurgiã cuja vida e morte desafiam a lendária objetividade de Brennan. Conforme a equipe busca evidências, Brennan se identifica cada vez mais com a brilhante médica e sua vida, algo que a faz questionar algumas de suas próprias escolhas.

A equipe investiga um caso envolvendo um corpo carbonizado encontrado em um caminhão que pegou fogo. Descobrir a verdadeira causa da morte é um grande problema diante do estado em que o corpo foi encontrado. A investigação leva Booth e Brennan a uma escola de ensino médio local, onde as respostas podem estar em um relacionamento proibido. Enquanto isso, Hannah tenta se aproximar de Parket e Sweets busca se manter focada enquanto ajuda Daisy a se preparar para um teste exigido pelo governo.

Um evento para um confeiteiro (Wayne Knight) torna-se ruim quando restos humanos são descobertos na maior barra de chocolate do mundo; Cam luta contra a decisão de sua filha de ir a uma faculdade que não cumpre os seus altos padrões.

Os restos mortais de um jovem são encontrados em um navio negreiro naufragado há 150 anos e com o qual a equipe está trabalhando. A investigação de Brennan e Booth os leva a outro tipo de navio. Enquanto isso, Cam encontra uma ligação pessoal com o Amelia Rose, e Sweets tem dificuldades com Daisy.

Um bailarino é assassinado e Booth e Brennan são levados a suspeitar de um grupo de dançarinos de rua. Enquanto isso, a namorada de Booth, Hannah, é baleada, deixando Booth preocupado com a saúde dela.

Quando um crânio e mãos em decomposição são encontrados em uma lixeira, a equipe procura pelos outros restos mortais da vítima; Brennan concorda em filmar um episódio de um programa infantil com o professor Bunsen.

Brennan e Booth vão para Jersey Shore quando restos decompostos são descobertos; a equipe gosta da namorada de Booth; Angela tenta manter um segredo.

Os restos mortais de um casal descobertos em uma caverna situada em um Parque Nacional cria um mistério duplo: quem são eles e por que foram mortos? Enquanto isso, a namorada de Booth retorna inesperadamente de seu trabalho como correspondente no Afeganistão, deixando Brennan insegura quanto ao seu relacionamento com Booth.

Sete meses depois de Bones e Booth deixarem o país no final da temporada passada, Caroline chama os dois de volta ao Jeffersonian para ajudar a salvar o emprego de Cam, enquanto eles trabalham com ela e o resto da equipe para resolver um caso polêmico.

O julgamento do Coveiro - o serial killer que a equipe finalmente pegou na temporada passada - chegou, e a equipe deve trabalhar duro para encontrar provas suficientes para garantir uma condenação.

Dois corpos são encontrados na floresta - um pertencente a uma bruxa moderna, e um que tem mais de trezentos anos, que volta ao tempo dos julgamentos da bruxa de Salem. Enquanto Booth e Brennan vão para investigar o caso, Angela e Hodgins, no entanto, acabam na cadeia.

Um assassinato ocorre em um acampamento de rock-and-roll, e a equipe vai para investigar.

A equipe está no caso quando os restos mortais de um homem são encontrados no estômago de um tubarão-martelo. Enquanto isso, alguém novo aparece no Jeffersonian e fica envolvido romanticamente com Booth.

Booth e Brennan investigam um crânio não identificado e a parte superior do corpo na Escola Secundária de Burtonsville. Angela os ajuda a identificar o corpo como um dos colegas de Brennan, e uma possível conexão é feita a um assassinato que foi cometido há 15 anos. A fim de interrogar possíveis suspeitos, Booth e Brennan fingem que são casados em uma reunião da escola, onde ela se reconecta com seu único amigo de escola, um zelador com humor negro.

O episódio mostra o primeiro caso de Booth e Brennan por meio de flashbacks enquanto Booth e Brennan contam a história a Sweets, depois de lerem o livro escrito por ele. O primeiro caso de ambos mostra toda a incorporação da equipe no Jefersonnian. Inclusive como Angela conseguiu seu emprego. Nos flashbacks descobrimos que Brennan e Booth já se beijaram uma vez e depois disso nunca tentaram mais nada. Mas Sweets aconselha um dos dois a abrir esta oportunidade de novo, acabar com o impasse e ficarem juntos.

Um metrô que Sweets está, descarrilha por causa de uma inundação e, posteriormente, o transbordamento releva restos humanos. Enquanto a equipe estuda os restos no laboratório, Sweets sofre de estresse pós-traumático. Enquanto isso, o lançamento do segundo livro de Brennan prova ser muito bem sucedido.

Booth e Brennan examinam restos desfigurados que estranhamente se relacionam com o texto bíblico. Eles descobrem que a vítima era um paciente em um sanatório, e têm dificuldade em descobrir o suspeito da lista de suspeitos que eles descobrem.

Booth e Brennan são chamados quando um esqueleto é encontrado nas trincheiras de um campo de batalha da Guerra Civil. Brennan determina que os restos mortais são de um dentista atual, mas um resíduo preso nos ossos está impedindo que a causa da morte seja determinada. Enquanto isso, o irmão de Booth, Jared, retorna com novidades interessantes.

A equipe de Jeffersonian é colocada em confinamento por um grupo de agentes do governo, que insiste que eles devem determinar a causa da morte de um cadáver não identificado. Booth, enquanto isso, penetra no laboratório, com a ajuda de seu chefe, para descobrir exatamente o que está acontecendo com a investigação secreta.

Booth e Brennan vão para o Novo México para investigar, quando um corpo é encontrado no deserto perto de Roswell. Enquanto isso, um relacionamento entre duas pessoas no laboratório é revelado.