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A equipe investiga o que parece ser uma cena de assassinato em um monumento nacional, mas a única pista deixada é uma mensagem codificada feita com sangue humano. Cortesia de um novo inimigo com muitos conhecimentos tecnológicos, esta pista será o início de uma caçada para a solução. Enquanto isso, Booth e Brennan procuram um novo lar.

A equipe descobre os restos mortais de um "caçador de tempestades" que parece ter morrido enquanto seguia um tornado, mas as imagens gravadas durante a tempestade levam todos a acreditar que ele foi assassinado. Enquanto isso, Booth torna-se cada vez mais superprotetor em relação a Brennan tanto em casa como no trabalho em campo, e, sem dormir direito, Angela e Hodgins concorda em deixar o roqueiro pai de Angela cuidar de seu filho recém-nascido.

Restos mortais desmembrados são descobertos em caixas de correio, e a equipe do Jeffersonian identifica a vítima como um empregado de uma loja de impressões e entregas, onde a equipe recentemente havia dividido o prêmio de loteria. A equipe descobre um triângulo amoroso complicado entre dois funcionários casados e a vítima, e enquanto as motivações apontam o marido como suspeito, uma pista crítica leva-os a resolver o crime definitivamente. Enquanto isso, o avô de Booth dá notícias inesperadas e a Agente Especial Genny Shaw aprende a importância do trabalho em equipe.

Depois que os restos mortais de uma executiva de uma empresa de brinquedos são encontrados devidamente embalados com uma boneca, o CEO da empresa dá a Booth e Sweets acesso ao laboratório de protótipos, onde detalhes da vida pessoal da vítima começam a aparecer. Enquanto isso, Sweets, com o apoio de sua namorada (Daisy Wick), prepara-se para seu teste para obter um certificado de uso de armas, apesar de Booth não gostar da ideia de ver Sweets carregando uma arma. Brennan questiona-se se será uma boa mãe, e usa o caso como uma forma de compreender a importância dos brinquedos nas crianças.

A equipe do Jeffersonian identifica os restos mortais de um campeão de competições de comida, poucos dias antes do início dos Gluttony Games, uma competição de comida com um prémio de US$10.000 em jogo. O notável trabalho do novato - e ex-delinquente juvenil - Finn conecta evidências obscuras encontradas na barriga de uma cobra com as leis da física para ajudar a resolver o crime. Apesar de seu brilhantismo no laboratório, Finn é recebido com hostilidade e ceticismo, levando Cam a questionar sua decisão de dar a ele uma chance para começar de novo. Enquanto isso, Booth é pego de surpresa por um anúncio que Brennan faz sobre seu bebê. Para dissipar a tensão entre eles, o casal compromete-se a fazer uma experiência, e cada um coloca-se na situação do outro.

Quando a equipe do Jeffersonian identifica os restos mortais de uma mulher encontrados em um campo de paintball, eles descobrem dois relatórios de desaparecimento em sua ficha. Booth e Sweets interrogam o marido da vítima, e descobrem que ela sofria de amnésia. Quando Wendell Bray descobre que a vítima também sobreviveu a um ferimento de bala, inconsistências em seus registros médicos desvendam um crime surpreendente ligado ao seu assassinato. Enquanto isso, Brennan e Booth ajustam-se à sua nova vida como um casal esperando um filho, e lidam com as próximas mudanças em sua vida doméstica.

No final da sexta temporada, o time investiga os perturbadores restos mortais de um jogador que foram encontrados esmagados no equipamento de uma das pistas de um boliche. Quando não conseguem encontrar soluções, Booth e Brennan decidem usar disfarces e entrar para um time de boliche, em busca de respostas para o caso.

O velho atirador Jacob Broadsky volta mais uma vez, brigando por outra vítima e aumentando a determinação de Booth de tirá-lo do caminho de uma vez por todas.

Uma misteriosa garota surda é considerada uma possível assassina após ter sido encontrada nas ruas, coberta por sangue e segurando uma faca. É função da equipe do Jeffersonian descobrir quem é essa garota e definir se ela é mesmo culpada pelo assassinato.

Quando o esqueleto de um bem sucedido e bem quisto publicitário é encontrado em um centro comunitário, o desafio não é somente descobrir sua identidade, mas também descobrir o motivo pelo qual seus amigos, família e colegas de trabalho agora o odeiam. Ao passo que as peças do quebra-cabeças vão se juntando, a equipe vai se tornando curiosa sobre seu jeito de ser radicalmente honesto, mas eles obtêm resultados distintos quando tentam fazer o mesmo. Angela, no entanto, aproveita a oportunidade para forçar Hodgins a lidar com a verdade sobre sua gravidez.

Os restos do segurança de um museu marítimo são encontrados no Everglades (Flórida) após uma tentativa de roubo de um obsoleto mapa hidrográfico do século XVII usado para encontrar tesouros. A fim de solucionar o crime, Booth procura Walter Sherman, um ex-soldado que lutou no Iraque e que possui o sinistro dom de encontrar qualquer um e qualquer coisa. Com a ajuda de Sherman, bem como a de sua colega, Ike Latulippe, e seu conselheiro legal, Leo Knox , a equipe é levada a uma tatuadora que os direciona a uma violenta jovem. Mas quando a mulher é encontrada morta com o restante do mapa em meio aos seus restos, a equipe descobre séculos de história ligada ao mapa e ao suspeito por trás dos crimes. Enquanto isso, Brennan coloca a excepcional habilidade de Sherman à prova. E Booth guarda rancor com relação ao antigo companheiro.

Os restos mortais de um homem que apresentava um programa de TV desvendando mitos são encontrados numa floresta de West Virginia, e surgem boatos envolvendo um Chupacabra e a participação de outro apresentador de TV, seu rival, no crime. Tudo fica ainda mais complicado quando é descoberto um vídeo que encerra todas as teorias sobre o crime. No labortatório, Vincent Nigel-Murray está de volta e tem de conciliar suas tarefas com as etapas do seu programa para alcoólatras, o que resulta em revelações surpreendentes.

Brennan se junta a um podólogo forense canadense para determinar a identidade de uma vítima após sete pares de pés desmembrados terem sido encontrados na fronteira dos Estados Unidos com o Canadá; mas seis pares de pés acabam sendo identificados como sendo parte de uma pesquisa. Enquanto isso, Cam ultrapassa os limites quando impede Michelle de escolher sua faculdade.

Uma severa nevasca deixa a cidade completamente no escuro, aumentando os obstáculos que a equipe precisa superar a fim de solucionar um assassinato que poderia estar ligado a uma possível doença viral. Mas quando Booth e Brennan encontram-se presos num elevador durante a falta de energia, Sweets está presente para assistência externa, porém faz mais do que lhe é solicitado ao iniciar uma delicada conversa acerca do relacionamento de Booth e Brennan. Enquanto isso, Angela e Hodgins recebem uma notícia preocupante sobre a saúde de seu bebê, e Hodgins e o squint Wendell Bray (participação de Michael Grant Terry) usam a criatividade no laboratório e colocam suas habilidades científicas em prática para identificarem a vítima e a rara doença.

Depois de ter assassinado o Coveiro, o atirador Jacob Broadsky ataca novamente. Dessa vez, sua vítima é um antigo suspeito de um crime que conseguiu escapar das mãos do sistema judicial. Booth, com seu treinamento militar, entra no jogo do atirador para derrotá-lo e se compromete a fazer o que for preciso para garantir que justiça seja feita. Num dramático confronto, Booth tem minutos para pegar Broadsky antes que ele atinja seu alvo, mas a destreza e a velocidade de Broadsky provam que ele é um adversário à altura do agente do FBI. Enquanto isso, o pai de Angela faz uma visita ao Jeffersonian e insiste em escolher o nome do seu neto que está por nascer.

O Dia dos Namorados deixa a equipe estressada de formas distintas. A equipe lida com um caso envolvendo uma organizadora de casamentos cujos restos liquefeitos são encontrados em uma cama de bronzeamento. Cam pede a conclusão dos trabalhos o mais breve possível para que ela possa comemorar a data. Enquanto isso, Hodgins tenta planejar um dia romântico para Angela, com resultados ambíguos, e Brennan e Booth, pouco à vontade com o Dia dos Namorados, tentam dar pouca importância à data.

Uma acrobacia mal feita resulta na morte de um ciclista, cujos restos mortais são encontrados no teto de um armazém. Hodgins e a equipe do laboratório investigam as múltiplas fraturas enquanto Brennan e Booth interrogam outros "acrobatas". Enquanto isso, Sweets novamente pede conselhos a Booth sobre Daisy e Booth chega a uma decisão sobre Hannah.

Um corpo disfarçado de espantalho é encontrado com um ferimento à bala num remoto milharal, e a equipe é forçada a trabalhar contra o tempo a fim de escapar de uma tempestade e de possíveis complicações que poderiam comprometer a evidência. Booth e Brennan interrogam as três esposas da vítima, que, além disso, são irmãs, e descobrem que ciúmes entre irmãs e o desejo delas pela atenção do marido causou uma grande divisão na família. Booth e Brennan também interrogam um parente que desaprovava a poligamia da vítima. Enquanto isso, Cam sente-se insegura em sua relação com seu namorado médico (participação de Gold), todavia ambos percebem que precisam fazer do relacionamento uma prioridade.

Quando a assassina conhecida por "Coveiro" é morta em frente ao prédio do tribunal ao ser levada para sua apelação final antes da execução, começa a caçada para encontrar o atirador. Descobre-se que o atirador de elite tem ligação com Booth. Enquanto isso, Sweets lida com seu último jogo psicológico e Angela se preocupa com a felicidade de Hodgins pela morte de Taffet.

A equipe investiga um caso envolvendo um corpo encontrado em um banheiro e que tem ligação com uma operação de falsificação. Enquanto isso, Hodgins e Angela têm decisões a tomar sobre família e residência, e Booth conta a verdade para Hannah sobre os sentimentos de Brennan por ele.